כשיטה חשובה במערכת הטיפול החיצונית של הרפואה הסינית המסורתית (TCM), יעילותה של המוקסה נעוצה במנגנוני הפעולה הפיזיים, הכימיים והביולוגיים הייחודיים לה. בעזרת שימוש ב-Mugwort כחומר, החום והתכונות הרפואיות חודרות לעור ומגיעות עמוק לתוך המרידיאנים. באמצעות ההשפעה הסינרגטית של גירוי חם, פעולה רפואית והולכת מרידיאן, מוקסה משיגה השפעות טיפוליות כגון חימום ושחרור המרידיאנים, פיזור קור ולחות, חיזוק יאנג וגיבוש הגוף, וויסות כללי, המגלם את המהות של תיאוריות TCM של "שימוש בחום להנחיית חום ו"סילוק חום" לקור.
מנקודת מבט פיזית, החום שנוצר על ידי שריפת אגמון נופל בטווח האינפרא אדום-ארוך, בעל חדירת רקמות חזקה, מגיע למספר מילימטרים או אפילו עמוק יותר מתחת לעור. אפקט תרמי זה מגביר במהירות את הטמפרטורה המקומית, מעודד התרחבות נימיים, מאיץ את זרימת הדם, משפר את חמצון הרקמות ואת אספקת החומרים המזינים, ובמקביל מאיץ את פינוי המוצרים המטבוליים וחומרים דלקתיים, משפר הפרעות במחזור הדם. מחקרים ניסיוניים הראו שמוקסה יכולה להגביר באופן משמעותי את זרימת הדם המקומית ואת לחץ חלקי החמצן, מה שמספק בסיס פיזיולוגי ישיר להקלה על התכווצויות שרירים והפחתת כאב.
במישור הכימי, השמנים הנדיפים (כגון אקליפטול ות'וגון) הכלולים ב-mugwort, יחד עם המיקרו-חלקיקים הנוצרים בזמן הבעירה, חודרים אל פני הגוף עם החום, ויוצרים סגולות רפואיות ייחודיות וגירוי ריחות. לרכיבים אלו השפעות אנטיבקטריאליות, אנטי-דלקתיות ואימונומודולטוריות מסוימות, והם יכולים להיספג דרך העור כדי להשתתף בוויסות מטבולי מקומי ומערכתי. החום של אש המוקסה יכול גם לשנות את חדירות קרום התא, לקדם את החזרת הלימפה ואת חילוף החומרים של התא, ולשפר את יכולות תיקון הרקמות. מחקר מודרני מצא גם שמוקסה יכולה לגרום לגוף לשחרר פפטידים אופיואידים אנדוגניים, סרוטונין, ונוירוטרנסמיטורים והורמונים אחרים, ובכך לייצר השפעות משככות כאבים ומרגיעות את מצב הרוח.
תיאוריית המרידיאנים מספקת מסגרת שיטתית למסלול הפעולה של מוקסה. הרפואה הסינית המסורתית מאמינה שהחום של אש המוקסה הפועלת על המרידיאנים והדיקורים יכולה לעורר את זרימת הצ'י, לנקות חסימות ולקדם את הזרימה החלקה של הצ'י והדם, כמו גם את איזון היין והיאנג. נקודות דיקור, כאתרים מיוחדים שבהם ה-Qi של המרידיאנים מועבר אל פני הגוף, יכולים להשפיע על תפקודם של איברים מתאימים באמצעות רפלקסים נוירו-הומורליים לאחר קבלת גירוי מוקסה, השגת ויסות הוליסטי מהמשטח אל הפנים. לדוגמה, מוקסה ב-Guanyuan (CV4) וב-Mingmen (GV4) יכולה לחמם ולחזק את היאנג הכליות, לשפר את תפקודי הרבייה והשתן; מוקסה ב-Zusanli (ST36) יכולה לחזק את הטחול והקיבה, ולשפר את החסינות. מנגנון הצמדת האיברים המרידיאני- מאפשר למוקסה לפעול לא רק מקומית אלא גם לטיפול במחלות דיסטליות וסיסטמיות.
גם ההשפעות של מוקסה קשורות קשר הדוק למצב הגוף. אנשים עם מחסור ביאנג או מבנה לחות- קור מגיבים ברגישות לגירויים חמים חיצוניים וחווים השפעות טיפוליות משמעותיות; עם זאת, אלה עם עודף חום או חוסר יין עם אש צריכים להשתמש בו בזהירות כדי למנוע החמרה בחום ופגיעה ביין. יש לקבוע את המינון, משך הזמן והתדירות של המוקסה בהתבסס על בידול תסמונת כדי להשיג את המצב האידיאלי של "התחממות ללא עודף, חיטוב ללא ייבוש".
לסיכום, העיקרון של מוקסה הוא שבאמצעות ההשפעה הסינרגטית של השפעות פיזיות חמות, התכונות הרפואיות של אפל, ומנגנון ויסות המרידיאנים, היא מעוררת את פוטנציאל הריפוי העצמי של הגוף, משפרת את זרימת הדם ומטבוליזם, ומווסתת את תפקודי החיסון והעצבים, ובכך משיגה את המטרות של מניעת מחלות ותחזוקת בריאות. אופן הפעולה הרב--מימדי הזה לא רק מאשר את הרציונליות של תיאוריית הרפואה הסינית המסורתית, אלא גם מספק כיוון לחקירה-מעמיקה בפרקטיקה הקלינית המודרנית ובמחקר מדעי.
