הסיבה לכך שטיפול בכוסות רוח נעשה שימוש ברפואה סינית מסורתית (TCM) בטיפול קליני ובשימור הבריאות במשך זמן כה רב נובעת מהבסיס התפקודי העמוק שלו. בסיס זה משלב הסברים תיאורטיים רפואיים מסורתיים עם אימות הדדי של מנגנונים פיזיולוגיים מודרניים, ויוצרים קונוטציה מדעית רב-ממדית-.
מנקודת המבט של המערכת התיאורטית של TCM, הבסיס הפונקציונלי של כוסות רוח הוא בעיקר תורת המרידיאנים ותורת הצ'י והדם. המרידיאנים נחשבים למסלולים לזרימת צ'י ודם, המחברים את האיברים הפנימיים והגפיים, בעוד שנקודות דיקור הם האתרים בהם מוחדר צ'י על פני הגוף. כוסות רוח, על ידי יצירת לחץ שלילי לאורך מסלולי מרידיאן ספציפיים או בנקודות דיקור, מגרה את זרימת הצ'י, מווסתת את מאזן ה-Yin-יאנג של האיברים הפנימיים ומשיגה את המטרה של ביטול חסימת המרידיאנים, קידום צ'י ומחזור הדם. ההתערבות של תיאוריית הצ'י והדם מבהירה עוד יותר את השפעתה החיונית -גירוי לחץ שלילי יכול לקדם את זרימת הצ'י והדם, לפתור סטגנציה, להזין את השרירים והמפרקים, ובכך לשפר כאב, חוסר תחושה ומגבלות תפקודיות הנגרמות על ידי צ'י וזרימת דם לקויה.
ההשפעות הפיזיות של כוסות רוח מהוות מימד חשוב נוסף של הבסיס התפקודי שלה. שאיבה בלחץ שלילי מרחיבה את הנימים המקומיים, גורמת לגודש וספיגה חוזרת, מאיצה את פינוי המוצרים המטבוליים של הרקמה, מקדמת פיזור של גורמים דלקתיים ומשפרת את המיקרו-סירקולציה ואספקת החמצן. האפקט המודינמי המכנו-מספק תמיכה פיזיולוגית ישירה לשיכוך כאבים ותיקון רקמות. שיטות כוסות רוח מסוימות מלוות באפקט מחמם, שיכול לחמם ולשחרר את חסימת המרידיאנים, להפיג קור ולחות ולשפר את יכולת ההתערבות במחלות הקשורות-לחות-. מחקר מודרני מצא גם שגירוי בלחץ שלילי יכול לקדם שחרור של חומרים אנדוגניים כגון אנדורפינים בעלי השפעות משככות כאבים ו-וויסות מצב הרוח, ולעכב כמה מסלולי איתות פרו-דלקתיים, ובכך לאשר את תפקוד הרגולציה שלו ברמה המולקולרית.
ראוי לציין גם את הפונקציה הרגולטורית הכוללת של כוסות רוח. השפעותיו אינן מוגבלות לאזור המטופל, אלא משיגות התאמה סינרגטית רב-מערכתית באמצעות האינטראקציה של רשתות מרידיאן ורשתות נוירו-אנדוקריניות-אימוניות. לדוגמה, בטיפול בתפקוד לקוי של מערכת העיכול, כוסות רוח בנקודות-הגב ונקודות דיקור בבטן קשורות עלולות להשפיע על מתח עצבים אוטונומי והפרשת בלוטות העיכול; בשיפור של תת-מצבי בריאות, זה מתבטא כאיזון נכון בין תפקוד חיסוני ותגובת לחץ.
לפיכך, ניכר כי הבסיס הפונקציונלי של כוסות רוח מושתת על ההשקפה ההוליסטית של הרפואה הסינית המסורתית ועל תורת המרידיאנים והצ'י והדם, והוא מורחב ומאומת באמצעות מנגנונים פיזיולוגיים ופיזיולוגיים ברורים. מערכת תפקודית מורכבת זו מאפשרת לה להפעיל השפעה ישירה על תסמינים ספציפיים, תוך קידום ההומאוסטזיס וההחלמה של הגוף ברמה מקרוסקופית, מה שמספק בסיס תיאורטי ומדעי מוצק ליישומה הקליני הנרחב.
